Село Боженците е създадено след турското нашествие в Търново в края на 16 век. Тогава от столицата на България бягат голяма част граждани, които се заселват в дълбоките и по-труднодостъпни части на Балкана. Между тях е и младата болярка Божана, която избира за свое скривалище местността, където в момента е село Боженците. Именно на нея то носи своето име. Синовете на болярката се захващат с търговия и с течение на времето селото се разраства, за да се превърне през Възраждането във важен кръстопът за търговците към средата на XVIII в. Основната продукция на търговците е кожа, вълна, восък, пчелен мед. Непосредствено до единия край на селото има запазен римски път в посока Габрово, а точно от другата страна започва горска пътека към Трявна.

Навлизането на фабричната промишленост след Освобождението измества местните занаятчийски стоки и селото постепенно запада. През 1962 г. започва реставрирането на някои сгради, както и цялостно възстановяване на селото. Боженците е обявено за архитектурен резерват на 28 януари 1964 г.